Los objetivos de conservación presentes en el parque abarcan no sólo aspectos de flora y fauna, sino también culturales y comunitarios, a través de un plan de conservación que integra a las comunidades aledañas y las hace co-participes en la protección del suelo, la regulación de agua de las cuencas y el resguardo de áreas de humedal. Entre los principales valores de conservación del parque se encuentran  

Especies endémicas, raras o amenazadas

En Oncol viven 9 especies de anfibios, siendo uno de los lugares de Chile con mayor diversidad de éstos. Además, es hogar de muchas especies de flora y fauna en peligro de extinción o vulnerables, como huillines, carpintero negro, helecho de corral, entre otras.
Grandes bosques a escala de paisajes

El parque se encuentra inserto en el área de vegetación boscosa más importante al norte del río Valdivia. En esta zona hay diversas áreas protegidas, todas ellas privadas, como Punta Curiñanco, Reserva Natural Pilunkura y Reserva Ecológica Llenehue.
Ecosistemas raros o amenazados

En Oncol, el exuberante bosque valdiviano lluvioso costero, altamente diverso en flora y fauna, es un hábitat básico para las especies de anfibios y helechos endémicos amenazados.


Área fundamental para la captación de agua

Los bosques de Oncol son muy importantes para la captación de agua y forman parte de las áreas de abastecimiento del río Cruces y del Santuario de la Naturaleza.
Áreas clave para satisfacer necesidades comunitaria

La protección y manejo de los bosques es fundamental no sólo para el ecosistema, sino también para la comunidad. En ellos se pueden encontrar frutos nativos como la murta, maqui, chupón, copihue, avellano y hongos utilizados para su alimentación.
Áreas para la identidad cultural tradicional

El cerro Oncol, por ser el más alto y valioso en términos de la biodiversidad que protege, es un patrimonio natural y cultural emblemático tanto para las comunidades aledañas, como para la comuna de Valdivia.